Les expériences sur les ontologies montrent de plus en plus clairement qu'elles ne représentent correctement et de façon consensuelle que des domaines réduits. Ainsi, les ontologies de domaines sont développées pour des applications particulières alors que des ontologies de référence tendent à être utilisées pour fédérer les résultats des applications spécifiques. Nous présentons dans cet article la construction, l'analyse et la discussion d'un alignement entre trois ontologies de domaine construites à l'INSERM UMR_S 872, Éq. 20 (i.e. OntoPneumo, OntoHTA et OntoReaChir) et la classification SNOMED v3.5.